La Fosfatasi Alcalina viene prodotta dal duodeno, ossa, fegato, rene, prostata, granulociti, placenta a cui corrispondono diversi isoenzimi. E’ aumentata nella cirrosi biliare primitiva, atresia congenita delle vie biliari, colestasi extraepatica, iperparatiroidismo, metastasi ossee, morbo di Cushing, morbo di Paget, plasmocitoma, ittero ostruttivo incompleto, epatiti, mononucleosi, colangite, fratture ossee.
Numerosi farmaci possono elevarne i valori. Tra questi ricordiamo il metiltestosterone, alfametil-Dopa, metimazolo, eritromicina, sulfamidici. I farmaci che possono falsare i livelli di fosfatasi alcalina debbono essere sospesi 72 ore prima del prelievo.